Permasalahan pelanggaran yang dilakukan oleh siswa di madrasah merupakan tantangan bagi semua guru.Biasanya yang melakukan pelanggaran tata tertib di madrasah adalah siswa yang mempunyai perilaku “nakal”.Oleh karena itu siswa bermasalah perlu di tindak lanjuti dengan berbagai upaya agar kenakalan siswa bisa menurun dan membaik, lebih-lebih bisa di kontrol dan di kendalikan agar siswa yang bermasalah bisa menjadi siswa yang berprestasi.Siswa bermasalah disebabkan oleh faktor internal dan eksternal, keberadaannya dapat mempengaruhi teman dan juga dapat mengganggu efektivitas dalam pembelajaran di madrasah. Sebagai upaya meminimalisir siswa bermasalah berbagai cara dilakukan oleh pihak madrasah,orang tua,dan guru.Peran dari guru Aqidah ahlak dan guru Bimbingan Konseling sangat membantu dalam menangani siswa bermasalah. Sinergitas yang dilakukan guru Aqidah Ahlak dan guru Bimbingan Konseling di Madrasah Aliyah Al Fatah Jabon Sidoarjo berjalan efektif dalam mengatasi siswa bermasalah dan maminimalisisr pelanggaran tata tertib di madrasah.Keduanya saling menunjang dalam melaksanakan pembinaan dalam menurunkan angka pelanggaran dan mampu mengarahkan siswa yang berakhlaqul karimah serta mempunyai pandangan yang baik untuk masa depannya.