Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi dan menganalisis kesalahpahaman yang dialami siswa kelas V MI Nurul Huda Banyubang, Grabagan, Tuban tentang materi simbiosis. Miskonsepsi adalah kesalahpahaman atau pemahaman yang kliru tentang konsep atau materi yang sebenarnya. Metode yang digunakan adalah deskriptif kualitatif dengan instrumen uji diagnostik dua tingkat berdasarkan Certainty of Response Index (CRI). Subjek penelitian adalah 10 siswa kelas V dari MI Nurul Huda. Hasil penelitian menunjukkan bahwa 32,5% peserta didik mengalami kesalahpahaman konsep simbiosis mutualisme, 48% dalam simbiosis komensalisme, dan 40% dalam simbiosis parasitisme. Kesalahpahaman yang paling umum adalah asumsi bahwa hubungan antara kutu dan manusia termasuk simbiosis mutualisme sebanyak 32,5% siswa, padahal hubungan ini merupakan simbiosis parasitisme. Faktor-faktor yang menyebabkan kesalahpahaman antara lain pemahaman awal yang kliru, pengaruh bahasa sehari-hari, buku pelajaran, penggunaan media dan kurangnya pengalaman langsung dari siswa. Implikasi dari penelitian ini adalah perlunya pembelajaran kontekstual.